Den 4 februari 1998 antogs den nuvarande flaggan i landet. Anledningen den fick ändrat utseende var att man ville att den skulle representera alla folkgrupper i landet. Den förra flaggan hade symboler som sträckte sig bak i medeltiden, med en vapensköld med sex gyllene liljor från Tvrtko Kotromanićs styre.
Triangeln i flaggan symboliserar Bosnien - Hercegovina, stjärnorna är en symbol för Europa, och där finns två halva stjärnor som visar att antalet stjärnor är obestämt. Flaggans blåa färg skulle först vara samma blå som
FN-flaggan, men det ändrades till att likna vid
EU:s flagga istället.
Notera: Se även
Osmanska riket och
Jugoslaviens flagga