I mitten på flaggan finns statsvapnet, ovanför den finns sex gula stjärnor som representerar fastlandet och landets fem öar. Trädet är ett silkesbomullsträd och undertill finns ett band med det nationella mottot: unidad, paz, justitia (enighet, fred och rättvisa). Den blåa trianglen är en symbol för havet, den röda färgen står för oberoende, vitt står för fred och den gröna färgen är jordbruket.
Flaggan antogs först den 12 oktober 1968, men statsvapnet ersattes med ett nytt under Francisco Nguemas diktatur 1972 - 1979. Den 21 augusti 1979 återinfördes det gamla statsvapnet i flaggan.