Flaggan antogs den 14 oktober år 1958, två år innan landet blev självständigt från att ha varit en fransk koloni. Landet beslutade dock, efter en folkomröstning att vara anslutna till Frankrike i den
franska unionen.
Färgerna rött och vitt är typiska färger för Sydostasien, vilket folk invandrade från till Madagaskar och det var de färger som prydde kungadömet Merina från 1790-talet tills det att landet blev en fransk koloni år 1896. Den vita färgen står för renhet, risodlingar och den kvinnliga traditionella folkdräkten lamba, rött är leran som täcker husets väggar och grönt symboliserar nationalsymbolen Ravenala Madagascariensis (De resandes träd).