Enligt tradition skall frihetshjälten José de San Maritin, när han såg en flock röd-vita flamingos lyfta, ha sagt Detta skall bli frihetens flagga!. Som han sade så blev det och den röda-vita flaggan är symbolen för kampen mot Spanien för Perus frihet. Från början fanns det även en sol på flaggan, den blev borttagen av Simon Bolivar år 1825 och den nuvarande flaggan antogs 25 februari samma år. Solen och även färgerna i flaggan är gamla inkasymboler.
Perus stats- och arméflagga har i mitten två olikt utformade emblem, men med samma symboler. Det är vapensköldar som både visar upp lamadjuret vikunja, kinaträdet och ett ymnighetshorn full med guldpengar.