Den gula färgen i Bruneis flagga är sultanens färg och symboliserar även monarkin i sydostasien. De vita och svarta diagonala banden är en representation av kungens två viktigaste ministrar. Vidare ser vi mitt på flaggan, landets statsvapen med månskäran som är den islamiska symbolen och även sultanens insign som är ett parasoll.
Flaggans nuvarande utseende antogs den 29 september 1959. Mellan 1906-1959 var den utan statsvapen, religiös symbol och sultanens sigill. Innan 1905 var flaggan enfärgad i gult. Försvarsmakten använder sig av en liknande flagga, där symbolen i mitten är utbytt mot försvarsmaktens emblem och en rött band mellan den svarta och vita har lagts till.