Flaggan antogs samma dag som landet blev självständigt, den 27 juni 1977. Triangeln står för jämlikhet och den vita färgern är en symbol för fred. Den röda stjärnan står för deras enighet, men ses även som en symbol för kampen om självständighet. Den gröna färgen i flaggan står för folkgruppen Djibouti, och den blåa står för Afar repspektive Issa.
Det finns också en alternativ förklaring till vad färgerna i flaggan står för, där det gröna är en symbol för jorden att den blå färgen står för himlen. Flaggans färger är även de färger som användes av
befrielserörelsen LPAI.