Först tillhörde flaggan Sudanesiska folkets befrielsearmé men har kommit att bli Sydsudans officiella flagga. Den svarta färgen står för folket, rött är för blodet som spillts i kampen om ett fritt land, grönt står för själva landet och blått är Nilens vatten. Stjärnan i den blå trianglen, som är Betlehemsstjärnan, är en symbol för de sydsudanesiska staternas enighet.
Flaggan blev antagen år 2005, i samband med ett fredsavtal som fick avslut på det andra inbördeskriget i Sydsudan, som pågått sedan år 1983. Landet fick då självstyre med möjlighet att senare bli helt självständigt. Detta uppnåddes år 2011.