Flaggan är en trikolor i de klassikt panarabiska färgerna; rött, vitt och svart med en grön triangel.
Uppbyggnaden påminner även om en del andra arabiska länders flaggor. I Sudans flagga är den röda färgen för kamp och även de sudanesiska och arabiska martyrerna. Vitt står för islam, fred, ljus och kärlek. I vanliga fall är grönt islams färg, men här representerar grönt framgång och jordbruk. Svart är en symbol för Sudan och Mahdistupproret vid 1800-talets slut.
Vid självständigheten, år 1956, användes en trikolor i blått, gult och grönt. Flaggan ersattes av den nuvarande flaggan den 29 maj år 1970 i en militärkupp.